Basic HTML Version
Linux Inside
59
Επειδή το πρόγραμμα είναι άμεσα συνδεδεμένο με την
RCSB Protein Data Bank, μπορούμε πιο άμεσα να δώσουμε
την εντολή:
fetch 3PRT
Βέβαια, προϋπόθεση για να φτάσουμε σε αυτό το σημείο
είναι να γνωρίζουμε τις πρωτεΐνες με τα «μικρά» τους ονόμα-
τα στη βάση δεδομένων, δηλαδή να έχουμε υψηλό επίπεδο
εξοικείωσης με το αντικείμενο.
Έπειτα αποθηκεύουμε το αρχείο 3PRT.pdb σε έναν φάκελο
του οποίου το όνομα αποτελείται από λατινικούς χαρακτήρες
(αλλιώς η Python θα έχει πρόβλημα encoding με τα ελληνικά
και δεν θα ανοίγει το αρχείο). Ανοίγοντας από το File ->
open το αρχείο που βρίσκεται στον αντίστοιχο κατάλογο μάς
παρουσιάζεται η δομή στην απλή μορφή, όπου μπορούμε να
δούμε κάποιες απλές λειτουργίες. Με απλό πάτημα του πο-
ντικιού και κράτημα μπορούμε να περιστρέψουμε τη δομή
365 μοίρες προς όλες τις κατευθύνσεις. Με διπλό πάτημα
του ποντικιού εμφανίζεται το μενού επιλογών όπου μπορούμε
να κάνουμε zoom στο ποσοστό που είναι ορατή ολόκληρη η
δομή του μορίου, orient, δηλαδή orientation ως προς τους
νοητούς άξονες x,y,z, ενώ με reset μπορούμε να επαναφέ-
ρουμε την ένωση στην αρχική προβολή της, όπως δηλαδή
εμφανίζεται αρχικά στο αρχείο .pdb. Αυτή η τελευταία επιλο-
γή είναι το «αποκούμπι» μας σε περίπτωση που έχουμε παίξει
αρκετά με την ένωση που μελετάμε και κάπου έχουμε χαθεί.
Μία ακόμα βασική εντολή-επιλογή είναι η reinitialize, η οποία
ουσιαστικά ξεκινά το PyMol από την αρχή, διαγράφοντας
οποιαδήποτε ανοικτή συνεδρία χωρίς να χρειαστεί να κλεί-
σουμε και να ανοίξουμε ξανά το πρόγραμμα.
Στο κουτί κάτω δεξιά (Mouse Control Panel) περιγράφονται
και μερικοί άλλοι συνδυασμοί πλήκτρων που μπορούμε να κά-
νουμε, όπως το zoom μέσω Ctrl και +/- ρόδας του ποντικιού.
Εναλλακτικά μπορούμε να κρατήσουμε πατημένο το δεξί πλή-
κτρο του ποντικιού και να σύρουμε το ποντίκι. Με απλό rolling
«εξαφανίζονται» επιλεκτικά μερικά μέρη του μορίου, ώστε να
μπορούμε να μελετήσουμε καλύτερα τις περιοχές που μέ-
νουν ορατές.
Παραπάνω αναφέρθηκε όμως ότι η ψηφιακή απεικόνιση
μορίων έχει ως στόχο την ερμηνεία της οπτικής εικόνας. Γι’
αυτόν ακριβώς το λόγο πρέπει να είμαστε σε θέση να δούμε
ένα μόριο, την πρωτεΐνη στην περίπτωσή μας, με διάφορους
τρόπους.
Δεξιά πάνω (object Control Panel) μπορούμε να δούμε το
όνομα της κάθε μίας από τις πολλές ενώσεις που μπορεί να
έχουμε ανοίξει και δίπλα τα γράμματα A (Action), S (Show), H
(Hide), l (label) και C (Color). Εδώ υπάρχει ένα ενδιαφέρον
σημείο: οτιδήποτε βλέπουμε στο μενού επιλογών μπορεί να
αποτελέσει εντολή. Δηλαδή, αν δώσουμε την εντολή:
hide everything
θα εξαφανιστεί οτιδήποτε έχουμε μπροστά μας.
Αντιστοίχως, με τις παρακάτω εντολές παρουσιάζονται οι
διάφορες αναπαραστάσεις της πρωτεΐνης, ανάλογα με το
ποια μας διευκολύνει ή απαιτείται από την εργασία μας:
show lines
show sticks
show cartoon
Επιπλέον, μπορούμε να εξαφανίσουμε καθεμία με την
εντολή hide, ούτως ώστε να μη συμπίπτουν οι αναπαραστά-
σεις και μπερδευόμαστε.
Οι εντολές βοηθούν αρκετά σε αυτόν τον τομέα, αλλά δεν
συνιστάται το ίδιο και για τις επιλογές των χρωμάτων, οι οποί-
ες θα πρέπει να γίνονται από το παράθυρο επιλογών.
Προχωρώντας περισσότερο
Κάτω από το Mouse Control Panel μπορούμε να διακρίνου-
με δύο γράμματα μαζί με μία σειρά από πλήκτρα αναπαρα-
γωγής: το S και το F. Το F προέρχεται από το Fullscreen και
κάνει το προφανές, δηλαδή γεμίζει την οθόνη του υπολογιστή
μας με το παράθυρο προβολής του PyMol. Το S αποτελεί το
Selection Tool, και πατώντας το θα εμφανιστεί στο μέτωπο
του προγράμματος η ακολουθία των διαφόρων ομάδων που
απαρτίζουν το μόριό μας κωδικοποιημένες. Πατώντας πάνω
σε ένα γράμμα επιλέγεται μία ομάδα. Αντίστοιχα, επιλέγοντας
μία ομάδα εμφανίζεται μία γραμμή κάτω από το αντίστοιχο
γράμμα στο Selection Tool. Για να αποθηκεύσουμε μία επιλο-
γή που κάναμε, πατάμε από το μενού Αction την επιλογή
rename και δίνουμε καινούργιο όνομα στην επιλογή.
Για να αποθηκεύσουμε όμως μία επιλογή από ένα μέρος
του μορίου σαν αυτόνομο μόριο θα πρέπει να δώσουμε την
εντολή:
save fileName, objSel
όπου fileName το όνομα που θέλουμε να δώσουμε και
objSel το όνομα της επιλογής. Πρέπει να δίνουμε προσοχή
στο format που θα δώσουμε στο fileΝame, το οποίο εξορι-
σμού είναι το format .pdb. Εδώ η παρομοίωση «σαν αυτόνομο
μόριο» έχει σημασία γιατί ναι μεν όταν ανοίξουμε εκ νέου το
αρχείο θα εμφανιστεί κατευθείαν η επιλογή, αλλά εάν δεν
έχουμε σβήσει όλα τα άλλα μέρη, αυτά θα συνεχίσουν να
υπάρχουν και μπορούν να εμφανιστούν με zoom/unzoom.
Μπορούμε επίσης να αποθηκεύσουμε rendered εικόνες
Linux Labs - Science
Το μόριο της 4-νιτροακετοφαινόνης που φτιάξαμε με το
PyMol, rendered.
2
PyMol: Ένα ιδιαίτερο open source παράδειγμα
Από την 1η Αυγούστου του 2006, η
πρώτη εταιρεία που ανέπτυσσε το
πρόγραμμα, η DeLano Scientific, υιο-
θέτησε κλειστή πολιτική για τα
precompiled πακέτα περιορίζοντας την πρόσβαση σε αυτά, αλλά
δίνοντάς τα δωρεάν σε ακαδημαϊκούς χρήστες (φοιτητές και καθη-
γητές). Ωστόσο, ο πηγαίος κώδικας συνεχίζει να είναι ελεύθερος
για compile από το χρήστη, όπως και οι προηγούμενες
precompiled εκδόσεις. Βασισμένη σε αυτήν την πολιτική, η εται-
ρεία έκανε πιο δύσκολη τη ζωή των χρηστών εκείνου του λειτουρ-
γικού συστήματος που φτιάχνεται στο Redmond. Παρ’ όλα αυτά ο
καθηγητής Christoph Gohlke από το Laboratory for Fluorescence
Dynamics του University of California έχει κατασκευάσει ορισμένα
precompiled πακέτα που μπορεί κανείς να βρει στη διεύθυνση [2].
Τέλος, η Canonical προσφέρει την τελευταία έκδοση στα αποθετή-
ρια του Ubuntu, precompiled και ready to rock!