Basic HTML Version
Linux Inside
61
Έτσι θα δούμε μία ταχύτατη αναπαραγωγή βίντεο παρατη-
ρώντας την περιστροφή των ομάδων που μπορούν να περι-
στραφούν. Πατώντας
mstop
διακόπτεται η ροή του βίντεο.
Για να κάνουμε αλλαγές σε αυτήν τη γρήγορη εναλλαγή
που μόλις είδαμε, μπορούμε να δώσουμε την εντολή mset με
ορισμένες παραμέτρους
mset 1 x200 2 x200 3 x200 4 x200 5 x200 6 x200
7x200
και ούτω καθ’ εξής, ώστε η περιστροφή να γίνεται με έναν
ρυθμό που να μπορεί να εξηγηθεί. Η περιστροφή μίας δομής
κατά 360ό μπορεί να επιτευχθεί από το μενού
Movie -> Program -> Camera -> X-Roll ->
Movie -> Program -> Camera -> Y-Roll ->
και τις αντίστοιχες επιλογές που δίνονται εκεί. Στην ουσία
μάς δίνεται η δυνατότητα προγραμματισμού, να καθορίσουμε
δηλαδή σε ποιο σημείο της ταινίας θα περιστραφεί η δομή,
κατά πόσες μοίρες και σε σχέση με ποιον άξονα. Είναι κάτι
εκπληκτικό, καθώς η δημιουργία μίας τέτοιας ταινίας ακριβώς
όπως τη θέλει ένας βιολογικός επιστήμονας μπορεί να τον
βγάλει από την ανάγκη εναλλαγής διαφανειών σε διαφορετι-
κά χρονικά σημεία μίας ομιλίας του.
Για να κάνουμε zoom σε ένα συγκεκριμένο τμήμα μίας
πρωτεΐνης κατά τη διάρκεια ενός βίντεο πράττουμε ως εξής:
Στην ένωσή μας, τη 2lBG, πηγαίνουμε στο κεντρικό μενού,
επιλέγουμε Scene->Store->F1 και έπειτα κάνουμε ζουμ
προς κάποιο επιθυμητό σημείο.
Αφού φτάσουμε τη μεγέθυνση έως εκεί που θέλουμε, επι-
λέγουμε πάλι από το ίδιο μενού Scene-Store->F2 κοκ για δια-
δοχικές σκηνές μεγέθυνσης/ απομεγέθυνσης. Έπειτα, για να
δούμε το αποτέλεσμα κάνουμε Movie->Program->Scene
loop->Nutate->4 seconds και δίνουμε την εντολή mplay. Εί-
ναι εξαιρετικό!
Προσοχή βέβαια χρειάζεται για την εξαγωγή του βίντεο,
καθώς απαιτείται ο κατάλληλος MPEG encoder. Θα μπορού-
σαμε να δούμε και άλλες λεπτομέρειες σχετικά με την παρα-
γωγή βίντεο στο PyMol, αλλά πιστεύω πως το άρθρο θα γινό-
ταν έτσι λίγο κουραστικό. Για περισσότερα παραδείγματα και
tutorials μπορεί κανείς να «παρακολουθήσει» το MovieSchool
της κοινότητας του PyMol στη διεύθυνση [1].
Visualisation αποτελεσμάτων
Κράτησα το πιο εντυπωσιακό κομμάτι για το τέλος. Αυτό
δεν είναι άλλο από τον τρόπο με τον οποίο μπορούμε να εικο-
νικοποιήσουμε αποτελέσματα Υπολογιστικής Χημείας. Η Υπο-
λογιστική Χημεία βέβαια θα μπορούσε να αφορά σε ένα ακό-
μα ενδιαφέρον τετρασέλιδο (ή και οκτασέλιδο) άρθρο από
μόνη της. Θα αρκεστώ όμως στο να αναφέρω απλώς ότι είναι
το εργαλείο εκείνο με το οποίο μπορούμε να δώσουμε μορφή
στα πειραματικά αποτελέσματα του εργαστηρίου.
Μέσω ειδικού software, που αναλαμβάνει για λογαριασμό
μας κβαντοχημικούς υπολογισμούς, μπορούμε να υπολογί-
σουμε τις ακριβείς καρτεσιανές συντεταγμένες των ατόμων
σε ένα μόριο. Το αποτέλεσμα είναι ένα αρχείο του τύπου .xyz
στο οποίο μπορούμε να «δώσουμε ζωή» μέσω του PyMol.
Για το λόγο αυτό θα χρειαστεί να έχουμε κάποια συμπλη-
ρωματικά προγράμματα όπως το openbabel ή/και το Avo-
gadro.
Ένα αρχείο παραδείγματος μπορούμε να βρούμε στο Py-
Molwiki [2], το οποίο το μεταφορτώνουμε στον υπολογιστή
μας και το αποσυμπιέζουμε. Έπειτα μετατρέπουμε το αρχείο
.xyz σε αναγνώσιμο από το PyMol .pdb με την εντολή:
babel file.xyz file.pdb
σε οποιοδήποτε terminal ή εναλλακτικά το ανοίγουμε με το
πρόγραμμα Avogadro και το αποθηκεύουμε εκ νέου ως .pdb.
Το επόμενο βήμα είναι να κατεβάσουμε το script που θα μας
επιτρέψει να ανοίξουμε το αρχείο .xyz που μετατράπηκε σε
.pdb [3]. Όταν γίνει και αυτό ανοίγουμε το script με ένα απλό
κειμενογράφο και δίνουμε το σωστό Path_To_The_PDB οδη-
γώντας το σενάριο εντολών στο αρχείο .pdb.
Τέλος, στη κονσόλα του παραθύρου προβολής του PyMol
δίνουμε την εντολή:
@PATH_Of_The_Script/script.pml
όπου PATH_of_The_Script είναι η τοποθεσία στην οποία
βρίσκεται το script που κατεβάσαμε. Το αποτέλεσμα μπορού-
με να το δούμε στην
εικόνα 5
!
•
Linux Labs - Science
Σύνδεσμοι
[1] To MovieSchool του PyMOL: http://goo.gl/d8Y1D
[2] Έτοιμα πακέτα του PyMOL για Windows: http://goo.gl/5PQY2
[3] Αναλυτικές οδηγίες και παραδείγματα:
http://www.pymolwiki.org
[4] Υποστήριξη για το PyMOL: http://www.pymol.org/support
[5] Οι τελευταίες εκδόσεις http://pymol.org/taxonomy/term/3/feed
Το μόριο του παραδείγματος για την εικονικοποίηση
αρχείων .xyz
5
Το μόριο 2lBG κατά την επεξεργασία βίντεο. Διακρίνονται
τα εργαλεία χειρισμού της ταινίας.
4